​El movimiento Fe y Alegría hace presencia en el barrio California sector urbano- marginal en el año 1982 y después de un detallado estudio sobre las necesidades de educación y servicios públicos de la comunidad, decide crear una Institución Educativa bajo la administración de la Hna. Miriam Builes misionera de la comunidad de las hermanitas de los pobres de San Pedro Claver.

En 1984 se iniciaron las clases con 2 grupos de 1º uno por cada jornada y 80 estudiantes, siendo su directora la Hna. Esther Cruz Garzón.

Esta cobertura fue ampliada año tras año con los grados 2º, 3º, 4º y 5º.

En 1987 a petición de la Hna. Miriam Builes, directora regional de Fe y Alegría, la gobernación del Departamento por intermedio de la secretaría de Educación Departamental, mediante decreto Nº 000494 de agosto 26 de 1987, oficializa la institución asignándole el nombre de “Escuela Nº 62 mixta La milagrosa de Fe y Alegría de las Malvinas.

En 1988, para satisfacción de toda la comunidad educativa, se completa el ciclo de primaria con un grado 5º y 47 estudiantes.

En 1990 ya la escuela ha crecido considerablemente y funcionan 15 grupos, hay maestros oficiales y maestros pagados por Fe y Alegría. En el mismo año, la entonces directora Hna. Lindelia Sánchez, inicia el Bachillerato de carácter privado, con 2 grupos de 6º( 80 estudiantes). En 1995 se completa el ciclo de básica secundaria con 2 grupos de 9º (75 estudiantes).

En 1994 siendo directora la licenciada Maribel Molina, se dan los primeros pasos para la ampliación  de la básica con carácter oficial, presentándose el proyecto a la secretaría de educación, pero solo en 1998 y bajo la dirección de la licenciada Elvira Camargo, se da inicio a la ampliación de la Básica oficial con 2 grados 6º y en la jornada de la tarde. En el 2000 se gradúa la primera promoción de undécimo grado.

El 26 de Octubre de 2001 llega como Rectora la Licenciada Delia Puello Cervantes.

En el 2002 el colegio asume el nombre de  Institución Educativa Distrital “La milagrosa Fe y Alegría”. Se trabaja para darle a la institución un nuevo giro y se habla ya de otros énfasis, adoptando los de Ciencias Naturales y Educación Artística.

En el 2003 se afianza los énfasis y se trabajan varios proyectos, se consigue la aprobación del preescolar, se amplió la cobertura en los tres niveles.

En el 2004 la institución amplia y mejora la planta física, mejora la sala de informática, asigna y adecua los salones de preescolar

En el 2006 se empezó a gestionar la media técnica, la formación en competencias laborales específicas y la articulación con el SENA, este proyecto se  logró materializar en el año 2008.

En el 2011 se inicia en la nocturna, el Programa para Jóvenes en extraedad  y Adultos, Educación básica y media, con los ciclos I, II, III, IV  y V.

En el 2013 se empieza con el programa de Metodología Flexible, se ofrece la implementación de este modelo educativo flexible, dirigidos a población en extraedad y en condición de vulnerabilidad, diseñado con estrategias escolarizadas con intencionalidad didáctica y articulación de recursos pedagógicos, que buscan fortalecer el ingreso y retención de la población en el sistema.

Se oferta para ello:

 Aprendizajes Básicos con el objetivo de promover los aprendizajes en lectura, escritura y aritmética necesarios para que los niños y niñas, entre 9 y 14 años que por diversos motivos se quedaron analfabetas y al margen de la escuela, puedan reintegrarse al mundo social y al universo cultural del que estaban excluidos.

Aceleración del Aprendizaje como una alternativa para niños y jóvenes en extraedad,( entre 9 y 14 ) quienes, por diversas razones, no pudieron concluir oportunamente sus estudios de educación básica primaria y por su edad son mayores para estar en el aula regular y muy jóvenes para ser atendidos como población adulta. El reto es lograr que después de un año de estudio, los estudiantes tengan las condiciones requeridas para continuar desarrollando exitosamente su potencial de aprendizaje, hayan fortalecido sus competencias lectoras, escritoras, comunicativas y matemáticas y dependiendo de sus logros, puedan avanzar mínimo dos grados con relación al que estaba realizando y la meta es que todos llegue a sexto grado y nivelen así su ciclo de básica primaria.

Grupos Juveniles, que atiende a los  jóvenes en condiciones de vulnerabilidad (desplazados, desvinculados, madres adolescentes, población en extrema pobreza), en edades entre los 14 y 26 años de edad, que hayan estado desvinculados por períodos largos del sistema de educación regular, que deseen terminar su bachillerato de una manera rápida, con el propósito de atender integralmente la emergencia social que ocasiona el fenómeno del desplazamiento en el país y bajo el enfoque de protección reforzada, atención diferencial y de goce de los derechos por parte de poblaciones afectadas por la violencia, como respuesta a las necesidades específicas de este grupo poblacional en materia de educación, la Institución oferto en el 2015 el  clclo II (6°-7°) y para el 2016 inicia el ciclo IV (8°-9°).